Atmosfera ochronna jest jedną z najczęściej poszukiwanych w pakowarkach próżniowych opcji dodatkowych. Niektóre produkty podczas pakowania w próżni wymagają specjalnego traktowania np. ze względu na swoją kruchość, czy też możliwość utraty konsystencji.
Tak zwany system MAP (modified atmosphere packaging) umożliwia zachowanie podczas pakowania próżniowego wielu właściwości produktów. Znany też jako system pakowania w atmosferze modyfikowanej (lub ochronnej), MAP pomaga bez użycia konserwantów utrzymać przez długi okres czasu pierwotny wygląd smak, jak i teksturę produktów. Dodatkowo takie środowisko chroni żywność przed mikroorganizmami i nie pozwala jej się zepsuć.
Zastosowanie systemu MAP polega na wypompowaniu z opakowania z żywnością powietrza, które następnie zostaje zastąpione odpowiednim gazem. Do zabezpieczania żywności po wypompowaniu powietrza wykorzystuje się azot (N2), dwutlenek węgla (CO2), tlen (O2), argon (Ar) i podtlenek azotu (N2O). Warte podkreślenia jest to, że każdy z tych gazów jest bezpieczny dla naszego zdrowia.
Ze względu na różne właściwości każdego z nich, jak i różny wpływ na trwałość konkretnych grup produktów. W praktyce, z potrzeby wielu zastosowań bardzo często producenci udostępniają uniwersalne mieszaniny gazów, pozwalające pakować różne rodzaje żywności. Dostępne są również mieszanki przygotowane specjalnie pod owoce czy warzywa lub przeznaczone tylko do pakowania nabiału lub mięsa.